Самураями называли отважных воинов, ловко обращающихся со всевозможными видами оружия и побеждающих грозных врагов путем применения древнейших техник ведения боя. Они быстры и бесшумны, в любой момент они готовы помочь нуждающемуся в этом.Но юный Кубо совсем не такой. Ему не нужны приключения, его любовь – это древний музыкальный инструмент и порождаемые им волшебные звуки. Мальчик живет вдвоем с мамой в крошечном прибрежном поселении. Кубо, как и все, кто живет по-соседству, ценят тишину и покой. Они любят природу и могут часами наслаждаться ее великолепием.

Но вот однажды Кубо и его мать посещает злой дух. Страшный призрак поселяется в их доме и постоянно что-то бормочет о мщении. Однако вскоре выясняется, что никакой он не злой и не страшный. Призрак вовсе не собирается обижать мальчика. Наоборот, он пришел, чтобы рассказать юному музыканту о его отце, которого тот никогда не видел. Это был великий самурай, совершивший немало подвигов. А поскольку в жилах Кубо течет такая славная кровь, мальчик просто обязан тоже стать самураем, отомстить за гибель отца и совершить множество подвигов.